Die Gründung von Zeuln soll um die Mitte des 8. Jahrhunderts erfolgt sein und fällt damit in die Phase des frühmittelalterlichen Landesausbaus. Unter Absehung des erst 1811 hinzugekommenen Attributes „Markt“ bedeutet der Name Zeuln etymologisch so viel wie „Dickicht, Gesträuch, Gebüsch“. Die Ortschaft „Zeuln“ ist demzufolge die Siedlung im Dickicht bzw. im Gesträuch. Die heutige Schreibweise entstammt dem althochdeutschen Wort cyl (althochdeutsche Sprachperiode ca. 750–1100), das im Plural zu cylen wird. Dem vollkommen entsprechend lautet auch der anfängliche Ortsname in der urkundlichen Ersterwähnung Marktzeulns, die sich in einer Bamberger Traditionsnotiz der Schenkungsurkunde der Gräfin Alberada von Banz aus dem Jahre 1070 befindet: Cylen.
Zu den besonderen Gemeinderechten zählten das Recht zur Abhaltung eines Dorfgerichts, das Braurecht, das Fischrecht in der Rodach, das Jagdrecht auf Niederwild und außerdem das einträgliche Zollrecht und das Marktrecht, aufgrund dessen sich Zeuln zu einem der steuerkräftigsten Gemeinden am Obermain entwickelte. Das Selbstbewusstsein der Bürgerschaft gipfelte 1567/78 im Bau eines Rathauses, das nach seiner Zerstörung im Dreißigjährigen Krieg 1689 bis 1695 neu errichtet wurde. Die großen Kriege aber auch Religionsauseinandersetzungen im Zuge von Reformation und Gegenreformation sowie örtliche Ereignisse hatten Einfluss auf die Geschicke des Marktortes und damit nicht zuletzt auf die Entwicklung des Ortsbildes. Im Markgräflerkrieg besetzte Markgraf Albrecht II. Alcibiades mit seinen Soldaten im Juli 1552 auch Zeuln und Graitz. Im Zuge der Reformation konnte zunächst die neue lutherische Lehre im Ort Fuß fassen. Im Zuge der Gegenreformation erfolgten Belagerungen und Zwangsmaßnahmen durch den Bamberger Fürstbischof und schließlich in den 1620er Jahren die Rekatholisierung der Bevölkerung. Hinzu kam der Dreißigjährige Krieg 1618 bis 1648, der das Hochstift vor allem in der zweiten Hälfte des Krieges in einem hohen Maße traf und die Bevölkerung um die Hälfte dezimierte. Beim Überfall am 11. März 1646 brannten die Feinde den Marktort systematisch nieder. Nachdem Westfälischen Frieden trieb die Obrigkeit durch Steuererleichterungen und Vergünstigungen den Wiederaufbau der Gegend voran. Die Hauptphase der Bautätigkeit ist in Marktzeuln von der 2. Hälfte des 17Jahrhunderts bis 1. Hälfte des 18. Jahrhunderts anzusetzen Das 18. Jahrhundert war für den Markt Zeuln sowohl wirtschaftlich als auch politisch wahrscheinlich die bedeutendste Epoche seiner Geschichte. Die Zeulner profitierten in dieser Zeit von den zahlreichen Fördermaßnahmen, die ihnen die Bamberger Fürstbischöfe gewährt hatten. Noch bis 1803 gehörte der Ort zum Hochstift Bamberg und damit zum Amt Burgkunstadt, das sowohl die Hochgerichtsbarkeit als auch die Dorf- und Gemeindeherrschaft ausübte. Der Marktort umfasste zu dieser Zeit insgesamt 118 Wohnhäuser, wobei die Gemeinde ein Rathaus, einen Pfarrhof, ein Schulhaus, ein Brauhaus, eine Schmiede, eine Badstube und weitere 110 Häuser, die Bamberger Kanzlei dagegen zwei Mühlen besaß. Durch die Säkularisation gingen dem Marktort althergebrachte Rechte und Steuerprivilegien verloren oder wurden eingeschränkt. Nur das Marktrecht und das Braurecht blieben bestehen. Wichtige Veränderungen des Ortsbildes betreffen einerseits die Uferlinien der Rodach aufgrund von Maßnahmen des Hochwasserschutzes. 1969/70 erfolgte außerdem im Zusammenhang mit einer Änderung der Verkehrsführung im Bereich des südlichen Ortseingangs der Bau einer neuen Stahlbetonbrücke ca. 30 Meter westlich der alten Rodachbrücke. In der Folge wurde von 1974 bis 1978 der gesamte Flecken als Teil der St2191 ausgebaut und den höheren verkehrstechnischen Anforderungen angepasst.